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Uno de los órganos torales del SEABC es el Comité de Participación Ciudadana integrado nominalmente por 15 ciudadanos con representación en la Comisión Ejecutiva, en el Comité Coordinador y en el Órgano de Gobierno de la Secretaría Ejecutiva.
En estos casos, la labor estriba en promover políticas públicas, exhortos o recomendaciones vinculantes para atender y resolver mecanismos o hechos de corrupción de manera reactiva y preventiva.
Por mandato constitucional, al presidente del CPC se le faculta para presidir también al Comité Coordinador, un órgano donde la sociedad está representada con 11 ciudadanos y 11 representantes del Tribunal Superior de Justicia, de la Secretaría de la Honestidad y Función Pública, de la Auditoría Superior, de los cinco ayuntamientos, de la Fiscalía Anticorrupción, del Tribunal de Justicia Administrativa y del Instituto de Transparencia, Acceso a la Información y Protección de Datos Personales.
El primer presidente del CPC fue Jorge Topete Calvario (2018-2019), el segundo Francisco Fiorentini Cañedo (2019-2020) y el tercero es Eduardo Arredondo, a partir del 11 de julio de 2020 y con duración de un año.